Peptidien kemiallisen synteesin menetelmiä ovat liuos{0}}faasipeptidisynteesi ja kiinteän -faasin peptidisynteesi. Liuos-vaiheen peptidisynteesi sisältää aminohappojen kytkemisen liuoksessa; se etenee tyypillisesti C--päästä N--päähän ja sopii lyhyiden (esim. alle 10 aminohappoa sisältävien) peptidien synteesiin. Yleisesti käytettyjä suojausstrategioita ovat BOC (tert-butyylioksikarbonyyli) ja Z (bentsyylioksikarbonyyli) menetelmät. Tämä lähestymistapa tarjoaa etuja, kuten alhaisemmat kustannukset ja helpon mittakaavan,{12}}mutta se edellyttää välituotteiden puhdistamista. Käytetyt ensisijaiset kytkentäreagenssit ovat karbodi-imidityyppisiä (esim. DCC); nämä voivat kuitenkin indusoida rasemisoitumisen sivureaktioita, joita voidaan tukahduttaa lisäämällä lisäaineita, kuten HOBt.
Kiinteän -faasin peptidisynteesin perusperiaate sisältää peptidiketjun C-terminaalisen aminohapon immobilisoinnin kiinteälle alustalle (kuten hartsille). Peptidiketjua pidennetään sitten progressiivisesti useiden toistuvien vaiheiden kautta, joihin sisältyy suojauksen poisto, aktivointi ja kytkeminen; synteesin suunta etenee yleensä C--päästä N--päähän. Pääasialliset käytetyt suojausstrategiat ovat BOC- (tert Yleisesti käytettyjä kytkentäreagensseja ovat sekä karbodi-imidi{15}}-tyyppiset reagenssit (esim. DCC) että oniumsuolat (esim. HBTU). Synteesin jälkeen peptidi on pilkkottava-tyypillisesti käyttämällä reagensseja, kuten TFA:ta tai HF:a, sen eluoimiseksi hartsikantajasta.
Peptidisynteesimenetelmän valinta riippuu peptidiketjun pituudesta ja sen sekvenssin erityispiirteistä: kiinteän -faasin synteesi tarjoaa korkean tehokkuuden ja helposti automatisoitavissa, joten se soveltuu hyvin -keskipitkien peptidien (esim. noin 30 aminohappoa) synteesiin; päinvastoin, liuosvaiheen synteesi{6} soveltuu paremmin lyhyiden peptidien tuotantoon. "Vaikeille" peptideille, -kuten sekvensseille, jotka ovat alttiita aggregaatiolle tai jotka sisältävät erikoistuneita aminohappoja{9}}, voidaan käyttää vaihtoehtoisia strategioita, kuten pseudoproliinimenetelmää tai *orto*-hydroksibentsyyli-tyyppisiä suojausmenetelmiä.